甜叶菊为原野生植物，人工栽培历史短，抗病虫能力较强。与其它经济作物相比，病虫害发生程度较轻，已发现的病害有立枯病、茎腐病、叶斑病、黑斑病、白绢病、急性炭疽病及花叶病毒病等。虫害有地老虎、蚜虫、斜纹夜蛾等，且病害重于虫害。
甜叶菊病虫害防治必须贯彻“预防为主，综合防治”的植保方针，以农业防治为主，化学防治为辅，提倡不同类型的低毒、低残留、高效生物农药交替使用，严格执行农药使用准则和防治指标，确保生产出绿色甜菊干叶产品。
甜叶菊主要病害防治
立枯病：多在苗期发生，病菌从茎基部侵入，开始出现淡黄色病斑，以后逐渐扩大，受害部位呈褐色水渍状腐烂而死亡。发现病株立即拔除烧毁。病株周围撒石灰或阴阳灰（3∶1的草木灰和石灰）进行消毒，或用70%甲基托布津800倍液、50%多菌灵可湿性粉剂800倍液、50%灭菌威可湿性粉剂1000倍至1500倍液喷雾。
白绢病：多在生长中后期零星发生。受害后，接近地面的茎基部表皮上出现暗褐色至黑色的水渍状斑点，经一周左右时间病斑处出现灰白色的霉状物，病组织内陷，整株苗由于缺水而枯萎。发现病株，立即拨除，在病株周围用石灰消毒，或用70%甲基托布津粉剂800倍液喷雾。
黑斑病：一般发病于生长盛期的高温、高湿季节，先是中下部叶片呈现黑褐色的角斑，并迅速向全叶扩展，发病后期落叶，产量损失可达50%以上。病害初发生时，可用65%代森锌500倍至600倍液或5%井冈霉素水剂500倍液防治。如在收获时期发病，应抢晴或在多云天气时，采取间割，人工采摘叶片晒干，最大限度地降低病害损失。
茎腐病：始发于5月中下旬，6月上中旬重发，田间零星分布。主要症状为：发病初期，在茎基部（离地面3厘米左右）处或根颈处出现褐色一边缢缩病斑，后扩展环全茎的明显缢缩病斑，植株逐渐萎蔫。茎组织木质化后一般不倒伏，但韧皮部被破坏，根部呈黑色腐烂，致叶片黄化，植株枯死。防治方法：①拔除病株离田消毁，病穴用石灰消毒；②喷施96%绿亨一号2500倍液或20%甲基立枯磷800倍至1000倍液。
黄花病毒病：易发于高温高湿的5月中下旬至6月份，病状从顶叶开始发黄，逐渐往中部、下部蔓延，叶子酥脆萎缩，停止生长。一旦发现，及时喷施病毒K或东旺毒消或圣手毒尊（20%盐酸吗啉呱），发生这种病用药也只能起到控制的作用，无法治愈，最好的办法是在未发病之前先用药预防。
急性炭疽病：始发于5月下旬，至6月上中旬流行发生，田间呈不规则或块状分布。主要症状为：主要发生在嫩叶、嫩枝或顶枝，初期在叶尖或叶缘处出现水渍状污点，后扩大成深褐色不规则病斑，常多个病斑联合成大斑，病斑上密生黑色小点，周围出现黄色晕圈。或在嫩枝茎部出现淡棕色卵圆形或近圆形小斑点，后扩大成深棕褐色梭形或长椭圆形凹陷斑，并迅速蔓延中上部茎，致使叶片枯死，植株矮缩，顶端停止生长。防治方法：①用10%世高（苯醚甲环唑）1000至2000倍液；②25%炭特灵500倍液；③80%炭疽福美600倍液；④75%百菌清500倍液。连续防治2次至3次。
甜叶菊主要虫害防治
（1）蚜虫：蚜虫为害植株新芽、嫩叶，造成叶片卷曲、皱缩、畸形，植株矮小，诱发花叶病毒病，严重影响甜菊产量，尤其干旱无雨天气危害更严重。可用10%吡虫啉可湿性粉剂1000倍液或5%锐劲特悬浮剂800倍液防治。
（2）地老虎：地老虎幼虫截食甜菊幼苗根茎部，造成田间缺苗、断垄，要花费较多的人力、物力补苗，对多年的旱作地更应注重防治。可用50%辛硫磷乳油1000倍液或用20%速灭杀丁乳油40毫升兑水50公斤做地面喷雾。
（3）夜蛾类害虫：该虫食性广，食量大，以幼虫咬食植物叶片，1至2龄幼虫啃食下表皮及叶肉，仅留上表皮及叶脉，4龄以后咬食叶片，仅留主脉，大发生时幼虫密度大，可能全田吃成光杆，以致绝收。可选用2.5%敌杀死1000倍至1500倍液、20%速灭杀丁1500倍液、5%抑大保1000倍至2000倍液、1.8%阿维菌素乳油1000倍至1500倍液，宜在早、晚选用两种药剂混合连续喷杀两次，防治适期应选择在3龄前。
甜叶菊虫害防治应严格掌握防治
指标，单位面积未达到防治指标可不防治，达到防治指标的严格控制用药量和用药次数，收获前15天内严禁用药。
