培养料要经堆制发酵处理，分解为可供蘑菇吸收利用的营养物质。过去多采用一次发酵，发酵不甚完全，养分末得到充分分解，杂菌和虫害还有存在。为解决这个 问题，近年发展了二次发酵（后发酵）技术。

蘑菇培养料主要是用家畜、家禽粪便和麦草、稻草等配制而成。约7月上、中旬开始堆制，粪草比例一般为7：3或6：4。稻草类要先晒干切断，粪便要晒干粉碎。其它配料为少量的石膏粉，过磷酸钙等。培养料用清水或尿液浸湿，一层草一层粪堆好，然后可覆盖草帘保温湿。建堆3-4天后可第一次翻堆，水份不够可加水增温。7-8天以后第二次翻堆，每100平方米培养料中加入1.5千克石膏粉。11-12天后可第三次翻堆，100平方米培养料中加入150克过磷酸钙。堆制后约13天，即完成前发酵。趁热将料搬进菇房，在菇床架上摊开，密闭房内窗户，迅速将室温提高到60℃左右，保持2-3小时，而后可降低到52℃左右，保持4-7天。室内加温可用煤炉或蒸汽管道，并维持室内一定湿度，这就是后发酵。后发酵是蘑菇培养中一项新技术，有杀虫灭杂菌的效果。并使培养料中产生大量有益微生物，氨味完全排除。由于嗜热性微生物的活动，大大地改善了培养料的质地，蘑菇可吸收利用的营养物质增加了。