黄瓜黑星病的病菌以菌丝体随被害茎、叶、卷须等病残体于田间或土壤中或附于温室的架材、大棚支架上越冬，成为次年的初侵染源。病菌也可以分生孢子附着在种子表现，或以菌丝潜伏在种皮内越冬。播种带病的种子对无病区是主要的传播来源，病菌可直接侵染幼苗。土壤中的菌丝越冬后产生的分生孢子亦为初侵染源，靠气流、农事操作等传播。